堆肥過程中許多不同種類的微生物參與。由于原料和條件的變化，各種微生物的數(shù)量也在不斷發(fā)生變化，所以堆肥過程中沒有任何微生物是始終占據(jù)主導(dǎo)地位的。每個環(huán)境都有其特定的微生物種群，微生物的多樣性使得堆肥在外部條件按出現(xiàn)變化的情況下仍可避免系統(tǒng)崩潰。
參與堆肥過程的主要微生物種類是細菌、放線菌以及真菌。這三種微生物都有中溫菌和高溫菌。
1，細菌
在好氧堆肥系統(tǒng)中，存在著大量的細菌。細菌憑借大的比表面積，可以快速將可溶性底物吸收到細胞中。所以在堆肥過程中，細菌在數(shù)量上通常比體積更大的微生物（如真菌）多得多。在不同的堆肥環(huán)境中分離的細菌在分類學(xué)上具有多樣性，其中包括假單胞菌屬、克雷伯菌屬以及芽孢桿菌屬的細菌。
2，放線菌
放線菌是具有多細胞菌絲的細菌，因此它更像是真菌。放線菌可以分解纖維素，并溶解木質(zhì)素。同時，他們比真菌能夠忍受更高的溫度和ph值。所以，盡管放線菌講解纖維iesuhe木質(zhì)素的能力并沒有真菌強，但是它們在堆肥過程中的高溫期卻是分解木質(zhì)纖維素的優(yōu)勢菌群。在條件惡劣的情況下，放線菌則以孢子的形式存活。研究表明，諾卡菌、鏈霉菌、高溫放線菌和單孢子菌等都是在堆肥中占優(yōu)勢的嗜熱性放線菌，它們不僅出現(xiàn)在堆肥過程中的高溫階段，同樣也在降溫階段和熟化階段出現(xiàn)。
3，真菌
真菌，尤其是白腐真菌可以利用堆肥底物中所有的木質(zhì)纖維素，由此，真菌的存在對于堆肥的腐熟和穩(wěn)定具有重要的意義。嗜溫性真菌地霉菌和嗜熱性真菌煙曲菌是堆肥無聊中的優(yōu)勢種群，其他一些真菌，如擔(dān)子菌、子囊菌、橙色嗜熱子囊菌也具有較強的分解木質(zhì)纖維素的能力。但隨著溫度的升高，真菌的數(shù)量開始減少，在64℃時，幾乎所有的嗜熱性真菌全部消失。當溫度下降到60℃以下時，嗜溫性真菌和嗜熱性真菌又都會重新出現(xiàn)在堆肥中。研究表明，溫度是影響真菌生長的最重要因素之一。
在整個堆肥微生物群落中，細菌戰(zhàn)主導(dǎo)地位，真菌、放線菌也有較多的數(shù)量。細菌是中溫階段的主要作用菌群，對發(fā)酵升溫起主要作用；放線菌是高溫階段的主要作用菌群了；芽孢桿菌、鏈霉菌、小多孢菌和高溫放線菌是堆肥過程中的優(yōu)勢中。
總之，堆肥過程中主要靠微生物的作用進行，微生物是堆肥發(fā)酵的主體。蔡玉堆肥的微生物有兩個來源：一是有機肥廢物里面原有的大量微生物；二是人工加入的微生物接種劑，這些菌種在一定條件下對某些有機廢物具有較強的分解能力，具有活性強、繁殖快、分解有機物迅速等特點，能夠加速堆肥反應(yīng)的進程，縮短堆肥反應(yīng)的時間。
